Kecuali judul pertama, semua judul sudah disesuaikan ke dalam Ejaan Yang Disempurnakan.
- Sepoeloeh Kepala Nica (1946), hilang di tangan penerbit Balingka, Pasar Baru, Jakarta, 1947
- Kranji–Bekasi Jatuh (1947), fragmen dari Di Tepi Kali Bekasi
- Perburuan (1950), pemenang sayembara Balai Pustaka, Jakarta, 1949
- Keluarga Gerilya (1950)
- Subuh (1951), kumpulan 3 cerpen
- Percikan Revolusi (1951), kumpulan cerpen
- Mereka yang Dilumpuhkan (I & II) (1951)
- Bukan Pasarmalam (1951)
- Di Tepi Kali Bekasi (1951), dari sisa naskah yang dirampas Marinir Belanda pada 22 Juli 1947
- Dia yang Menyerah (1951), kemudian dicetak ulang dalam kumpulan cerpen
- Cerita dari Blora (1952), pemenang karya sastra terbaik dari Badan Musyawarah Kebudayaan Nasional, Jakarta, 1953
- Gulat di Jakarta (1953)
- Midah Si Manis Bergigi Emas (1954)
- Korupsi (1954)
- Mari Mengarang (1954), tak jelas nasibnya di tangan penerbit
- Cerita Dari Jakarta (1957)
- Cerita Calon Arang (1957)
- Sekali Peristiwa di Banten Selatan (1958)
- Panggil Aku Kartini Saja (I & II, 1963; III & IV dibakar Angkatan Darat pada 13 Oktober 1965
- Kumpulan Karya Kartini, yang pernah diumumkan di berbagai media; dibakar Angkatan Darat pada 13 Oktober 1965
- Wanita Sebelum Kartini; dibakar Angkatan Darat pada 13 Oktober 1965
- Gadis Pantai (1962-65) dalam bentuk cerita bersambung, bagian pertama triologi tentang keluarga Pramoedya; terbit sebagai buku, 1987; dilarang Jaksa Agung. Jilid II & III dibakar Angkatan Darat pada 13 Oktober 1965
- Sejarah Bahasa Indonesia. Satu Percobaan (1964); dibakar Angkatan Darat pada 13 Oktober 1965
- Realisme Sosialis dan Sastra Indonesia (1963)
- Lentera (1965), tak jelas nasibnya di tangan penerbit
- Bumi Manusia (1980); dilarang Jaksa Agung, 1981
- Anak Semua Bangsa (1981); dilarang Jaksa Agung, 1981
- Sikap dan Peran Intelektual di Dunia Ketiga (1981)
- Tempo Doeloe (1982), antologi sastra pra-Indonesia
- Jejak Langkah (1985); dilarang Jaksa Agung, 1985
- Sang Pemula (1985); dilarang Jaksa Agung, 1985
- Hikayat Siti Mariah, (ed.) Hadji Moekti, (1987); dilarang Jaksa Agung, 1987
- Rumah Kaca (1988); dilarang Jaksa Agung, 1988
- Memoar Oei Tjoe Tat, (ed.) Oei Tjoe Tat, (1995); dilarang Jaksa Agung, 1995
- Nyanyi Sunyi Seorang Bisu I (1995); dilarang Jaksa Agung, 1995
- Arus Balik (1995)
- Nyanyi Sunyi Seorang Bisu II (1997)
- Arok Dedes (1999)
- Mangir (2000)
- Larasati (2000)
- Jalan Raya Pos, Jalan Daendels (2005)
